Il existe plus d’une centaine de définitions du néologisme « biodiversité » proposé en 1985 par Walter Rosen puis repris en 1988 par E. Wilson et M. Peter. Après être resté longtemps cantonné dans la sphère des sciences de la vie et de la nature, les enjeux qu’il représente pour les sociétés humaines, stigmatisés dans de nombreux forums internationaux, notamment à la conférence de Rio, expliquent que les économistes et sociologues, puis le monde médiatique et politique se le sont approprié. Le concept a donc largement débordé de la sphère des sciences de la vie pour envahir celle des sciences de l’homme et de la société.

Né du constat par les biologistes d’une dégradation accélérée et alarmante de l’environnement et de ses composantes, le mot biodiversité n’aurait pas eu autant de succès si la notion qu’il véhicule n’était au départ intuitivement perçue comme chargée de valeur. Bien que la notion de biodiversité soit loin d’être vécue comme un bien public global ou un patrimoine commun de l’humanité par tous les groupes humains, notamment dans les sociétés occidentales, elle est généralement considérée comme une bonne chose en soi, une sorte d’assurance contre l’imprévu qu’il vaut mieux ne pas perdre et donc contribuer à protéger et restaurer le cas échéant. Cette prise de conscience d’ordre sociétal qui relève de l’application populaire du principe de précaution a naturellement débouché sur deux développements.

Le premier est une demande sociale en faveur de la diversité de la vie en général. Le second est la reconnaissance et l’attribution d’une valeur (et potentiellement d’un prix) à la biodiversité, donc d’une option économique et politique, avec toutes les conséquences que cette reconnaissance a sur les droits d’usage, de propriété et de partage des bénéfices à l’échelle des individus, des sociétés et des États. Enfin, bien qu’elle ne soit pas explicitement abordée dans ce rapport, on ne peut ignorer la question éthique du regard que l’homme porte sur la biodiversité, ce regard étant fondamentalement anthropocentrique pour les uns alors qu’il est biocentrique pour d’autres.

Trois conceptions de la biodiversité, chacune pouvant être l’objet de sa propre définition du mot, peuvent être identifiées.

1. Pour les uns, la biodiversité est un concept abstrait plus ou moins synonyme de « variété de la vie » dans sa totalité mais que l’on peut organiser en champs thématiques aux contours plus précis. Il s’agit d’une vision holistique et généraliste conférant à la biodiversité une signification intuitive certaine et universelle mais dont le champ est si vaste qu’elle est irréductible à la connaissance scientifique et donc inaccessible à la recherche car aucune variable ne pourra jamais exprimer la diversité relevant de champs distincts de la connaissance. L’hypothèse Gaïa de Lovelock est l’archétype d’une telle approche où se reconnaissent de nombreux mouvements écologistes. Dans son acception extrême cette vision de la biodiversité rejoint la position fondamentaliste de la« deep ecology ».
   
2. Pour d’autres, la biodiversité est une entité ou une hiérarchie d’entités objectives mesurables au moyen d’outils appropriés, depuis les structures biochimiques que sont les bases moléculaires de l’hérédité aux écosystèmes et paysages, en passant par toute une série d’intermédiaires, populations, espèces, assemblages d’espèces et écosystèmes. Conçue de cette manière, la biodiversité est directement accessible à la méthode scientifique. Au-delà de l’inventaire de ces entités hiérarchisées le long des échelles d’espace et de temps (ce qui sousentend le problème de la dynamique de la biodiversité le long d’une hiérarchie d’échelles de temps), les agents et processus qui les relient et font fonctionner les systèmes écologiques relèvent explicitement de cette conception. On peut considérer dans cette perspective que la biodiversité est un concept lié aux différences et aux variations quantitatives mais aussi qualitatives entre entités biologiques.
3. Pour d’autres enfin la biodiversité est une construction sociale, économique et politique dont les enjeux relèvent principalement des interactions étroites qui existent entre cette biodiversité et les sociétés humaines. Dans une vision utilitariste, ces interactions sont considérées dans l’optique du partage des avantages et des biens procurés par la biodiversité, mais aussi comme outil pour sa gestion et sa conservation. Là où les biologistes tendent à réduire les pressions anthropiques à des prélèvements par une main abstraite et indifférenciée, les sciences sociales se demandent pourquoi cette main est là, et comment elle y est arrivée. On considère parfois que le discours sur la biodiversité cherche à construire une nouvelle vision occidentale de la nature posée en vérité révélée devant s’imposer à toutes les cultures de la planète, et c’est en cela que les sciences sociales parlent d’une « construction sociale », qui est en même temps un projet global d’agir sur la réalité. Ce type de biodiversité s’intéresse fondamentalement aux interactions entre l’homme et son milieu dans un contexte écologique, évolutif, mais aussi socioculturel, en s’appuyant sur les ethnosciences. L’objectif est de comprendre comment les gens utilisent les plantes, les animaux, ou toute autre composante du milieu naturel, mais aussi comment les conceptions et représentations qu’ils se font du milieu naturel influencent son utilisation. Cette approche renvoie à des grandes questions d’environnement telles que la construction sociale du concept de biodiversité, les conflits de représentations et leurs conséquences sur la gestion de l’environnement. L’approche ethnoécologique alimente la biologie de la conservation, notamment à travers les stratégies de conservation in situ, circa situ et ex situ, mais aussi la gestion des ressources génétiques, ainsi que l’étude de l’écologie humaine et de l’évolution culturelle.
   

Ces trois visions sont légitimes mais personne ne peut prétendre embrasser et encore moins s’approprier tout ce que véhicule le concept de biodiversité et le réduire à son propre domaine d’intérêt et de compétence car aucune variable ne peut « encapsuler » tous ses aspects. La principale difficulté vient de ce que l’amplitude des champs et domaines de la connaissance que le concept de biodiversité recouvre empêche qu’elle puisse être considérée comme une discipline scientifique unitaire dotée de ses propres théories et lois. D’où l’impossibilité de fait de définir la biodiversité.

À défaut d’être une nouvelle discipline scientifique, l’étude de la biodiversité doit plutôt être regardée comme une nouvelle manière de considérer des disciplines classiques en biologie telles que la biogéographie, l’écologie, la systématique, la biologie du développement, la génétique, la physiologie, etc. Son objectif est de déterminer les mécanismes qui président à la genèse, au maintien, au renouvellement et à la régulation de la diversité biologique en fonction de trois échelles auxquelles opèrent les processus biologiques, l’échelle du temps, celle de l’espace et celle du changement. De manière assez conventionnelle mais efficace d’un point de vue opérationnel, car correspondant souvent à la structuration institutionnelle de la recherche, le biologiste reconnaît habituellement trois grands niveaux d’approche de la biodiversité, qui hiérarchisent les entités biologiques des gènes aux écosystèmes et paysages, à savoir : la diversité génétique, la diversité taxinomique et la diversité écosystémique, parfois appelées aussi diversités génétique, organismique et écologique. En corollaire, la biodiversité peut aussi être comprise comme une étude de la différence, à savoir ce qui distingue et par là même rend originales deux entités voisines dans l’espace ou dans le temps. Mais même pour le biologiste, cette approche n’épuise pas le concept. Admettre que l’analyse de la biodiversité concerne les mécanismes qui la régulent revient à s’intéresser aux processus. À l’analyse des niveaux d’organisation biologique énumérés ci-dessus, doivent donc se superposer d’autres approches, notamment le rôle fonctionnel de la biodiversité. À une certaine diversité de taxons, correspond aussi une diversité de fonctions.

Au cours des dernières années, une attention croissante est portée aux conséquences écologiques potentielles de l’érosion de la diversité biologique. Par leur fonctionnement naturel, tous les écosystèmes assurent des « services » écologiques aux sociétés humaines. Ces services ne peuvent que rarement être évalués par les mécanismes économiques classiques du marché mais leur importance est vitale : contrôle de la qualité de l’atmosphère, régulation du climat, contrôle de la qualité de l’eau et des cycles hydrologiques, formation et maintien des sols en sont quelques exemples. Un défi majeur est de quantifier la diversité fonctionnelle, d’établir les relations entre elle et la biodiversité, et d’examiner dans quelle mesure la perte de biodiversité résultant des activités humaines risque d’altérer les grands processus fonctionnels des écosystèmes.

Cette approche est fondamentalement celle de l’accès aux ressources (la « main qui prélève») et à la biodiversité dans son ensemble, de leur appropriation, de leur partage, de la définition des usages et des problèmes soulevés à tous les niveaux hiérarchiques des sociétés et des États par les conflits d’accès et d’usages. Les critères biologiques et écologiques d’une gestion durable de la biodiversité étant supposés définis par les spécialistes de ces disciplines, les sciences sociales se demanderont quels sont les critères et indicateurs de développement durable et quelle est leur pertinence sociale et économique.

Autant de questions qui relèvent de l’approche économique et sociologique de la biodiversité.
La dynamique de la biodiversité ne peut se comprendre sans référence à la dynamique des systèmes économiques sociaux, ce qui pose le problème de la confrontation des pas de temps différents auxquels opèrent les systèmes naturels et les systèmes anthropiques.